Τα νοσήματα που προλαμβάνονται με εμβολιασμό θα επανακάμψουν εάν σταματήσουν τα προγράμματα εμβολιασμού. Ενώ οι καλές συνθήκες υγιεινής, το πλύσιμο των χεριών και το καθαρό νερό μπορούν να βοηθήσουν στην προστασία των ανθρώπων από λοιμώδη νοσήματα, πολλές λοιμώξεις μπορούν να εξαπλωθούν ανεξάρτητα από το πόσο καθαροί είμαστε. Εάν οι άνθρωποι δεν είναι εμβολιασμένοι, ασθένειες που έχουν γίνει σπάνιες όπως η πολιομυελίτιδα και η ιλαρά, θα επανεμφανιστούν σύντομα.

Τα εμβόλια είναι πολύ ασφαλή. Οι περισσότερες ανεπιθύμητες ενέργειες των εμβολίων είναι συνήθως ήπιες και παροδικές, όπως πόνος στο σημείο του εμβολιασμού ή ήπιος πυρετός. Πολύ βλαβερές αντιδράσεις είναι εξαιρετικά σπάνιες, καταγράφονται προσεκτικά και διερευνώνται. Είναι πολύ περισσότερο πιθανό κάποιος να νοσήσει σοβαρά από ένα νόσημα που προλαμβάνεται με εμβολιασμό εάν δεν έχει κάνει το εμβόλιο σε σχέση με τις ανεπιθύμητες ενέργειες που τυχόν θα προκύψουν από τον εμβολιασμό.

Για παράδειγμα, η πολιομυελίτιδα είναι νόσος που μπορεί να προκαλέσει παράλυση, ή ιλαρά μπορεί να προκαλέσει εγκεφαλίτιδα και τύφλωση, ενώ ορισμένα νοσήματα που προλαμβάνονται με εμβολιασμό μπορεί να οδηγήσουν ακόμη και σε θάνατο. Τα οφέλη του εμβολιασμού υπερτερούν κατά πολύ σε σχέση με τις ανεπιθύμητες ενέργειες των εμβολίων, ενώ χωρίς τα εμβόλια πολύ περισσότεροι θάνατοι θα μπορούσαν να συμβούν.

Δεν υπάρχει αιτιώδη σχέση που να συνδέει τη χορήγηση των εμβολίων και του αιφνίδιου θανάτου, ωστόσο, αυτά τα εμβόλια χορηγούνται σε μια ηλικία που τα βρέφη μπορεί να παρουσιάσουν το σύνδρομο του αιφνίδιου βρεφικού θανάτου (SIDS). Με άλλα λόγια, το σύνδρομο του αιφνίδιου βρεφικού θανάτου SIDS μπορεί να συμπίπτει χρονικά με την ηλικία του εμβολιασμού και θα είχαν συμβεί περισσότεροι θάνατοι εάν τα βρέφη δεν είχαν εμβολιαστεί. Είναι σημαντικό να θυμόμαστε ότι οι τέσσερις αυτές ασθένειες είναι θανατηφόρες και τα μωρά που δεν έχουν εμβολιαστεί βρίσκονται σε σοβαρό κίνδυνο θανάτου ή σοβαρής αναπηρίας.

Αν και τα νοσήματα που προλαμβάνονται με εμβολιασμό έχουν γίνει σπάνια σε πολλές χώρες, οι παθογόνοι παράγοντες που τα προκαλούν συνεχίζουν να κυκλοφορούν σε ορισμένα μέρη του κόσμου. Σε έναν κόσμο με υψηλή διασύνδεση παθογόνοι αυτοί παράγοντες μπορεί να υπερβούν τα γεωγραφικά σύνορα και να μολύνουν όποιον δεν είναι προστατευμένος. Στη Δυτική Ευρώπη για παράδειγμα, επιδημίες ιλαράς έχουν συμβεί σε ανεμβολίαστους πληθυσμούς στην Αυστρία, το Βέλγιο, τη Δανία, τη Γερμανία, τη Ιταλία, την Ισπανία, την Ελβετία, το Ηνωμένο Βασίλειο από το 2005. Έτσι, δύο βασικοί λόγοι εμβολιασμού είναι να προστατεύσουμε τους εαυτούς μας και να προστατεύσουμε τους γύρω μας. Τα επιτυχημένα προγράμματα εμβολιασμού εξαρτώνται από τη συνεργασία του κάθε ατόμου να διασφαλίσει το καλό όλων. Δεν θα πρέπει να βασιζόμαστε στους ανθρώπους γύρω μας για να σταματήσει η εξάπλωση μιας νόσου. Θα πρέπει να κάνουμε και εμείς ό,τι μπορούμε.

Επιστημονικά στοιχεία δείχνουν ότι η χορήγηση πολυδύναμων εμβολίων δεν έχει καμία αρνητική επίδραση στο ανοσοποιητικό σύστημα του παιδιού. Τα παιδιά εκτίθενται σε αρκετές εκατοντάδες ξένες ουσίες που πυροδοτούν μια ανοσοαπόκριση κάθε μέρα. Μια απλή πράξη όπως η κατανάλωση τροφής εισάγει νέα αντιγόνα μέσα στο σώμα και πολυάριθμα βακτήρια ζουν στο στόμα και στη μύτη. Ένα παιδί εκτίθεται σε πολύ περισσότερα αντιγόνα αν προσβληθεί από κοινό κρυολόγημα ή πονόλαιμο παρά από το εμβόλιο. Βασικά πλεονεκτήματα της χορήγησης πολυδύναμων εμβολίων είναι οι λιγότερες επισκέψεις στο γιατρό το οποίο εξοικονομεί χρόνο και χρήμα και ότι τα παιδιά είναι πιο πιθανό να ολοκληρώσουν τα συνιστώμενα εμβόλια έγκαιρα. Επίσης, αν είναι εφικτό να έχουμε πολυδύναμο εμβόλιο, π.χ. ιλαρά, παρωτίτιδα και ερυθρά, αυτό σημαίνει λιγότερες ενέσεις.

Η γρίπη είναι πολύ περισσότερο από μια ενόχληση. Πρόκειται για μια σοβαρή ασθένεια που σκοτώνει 300.000-500.000 ανθρώπους παγκοσμίως κάθε χρόνο. Οι έγκυες γυναίκες, τα μικρά παιδιά, οι ηλικιωμένοι με προβλήματα υγείας και κάθε άτομο με χρόνια πάθηση, όπως άσθμα ή η καρδιακή νόσος, διατρέχουν μεγαλύτερο κίνδυνο για σοβαρή λοίμωξη και θάνατο. Ο εμβολιασμός των εγκύων γυναικών έχει το πρόσθετο πλεονέκτημα της προστασίας των νεογνών τους (σήμερα δεν υπάρχει εμβόλιο για μωρά κάτω των έξι μηνών). Ο εμβολιασμός προσφέρει ανοσία για τα τρία πιο διαδεδομένα στελέχη γρίπης που κυκλοφορούν κάθε εποχή. Είναι ο καλύτερος τρόπος για να μειωθεί η πιθανότητα νόσησης από σοβαρή γρίπη και της μετάδοσης της σε άλλους. Αποφυγή της νόσησης από γρίπη, σημαίνει αποφυγή των επιπλέον δαπανών ιατρικής περίθαλψης και της απώλειας εισοδήματος λόγω απουσίας από τη δουλειά ή το σχολείο.

Τα εμβόλια αλληλεπιδρούν με το ανοσοποιητικό σύστημα προκειμένου να παραχθεί μια άνοση απόκριση παρόμοια με εκείνη που παράγεται από τη φυσική λοίμωξη, αλλά δεν προκαλούν της ασθένεια ή δε θέτουν σε κίνδυνο το ανοσοποιημένο άτομο από πιθανές ανεπιθύμητες ενέργειες. Αντίθετα, οι συνέπειες της ανοσίας μέσω φυσικής λοίμωξης μπορεί να είναι η διανοητική καθυστέρηση σε λοίμωξη από Haemophilus influenza τύπου B (Hib), οι γενετικές ανωμαλίες σε λοίμωξη από ερυθρά, ο καρκίνος του ήπατος σε λοίμωξη από τον ιό της ηπατίτιδας Β, ή θάνατος από ιλαρά.

Η Θειομερσάλη είναι μία οργανική ένωση που περιέχει υδράργυρο η οποία προστίθεται σε ορισμένα εμβόλια ως συντηρητικό. Είναι το πιο ευρέως χρησιμοποιούμενο συντηρητικό για τα εμβόλια που παρέχονται σε φιαλίδια πολλαπλών δόσεων. Δεν υπάρχουν στοιχεία που να αποδεικνύουν ότι η ποσότητα της θειομερσάλης που χρησιμοποιείται στα εμβόλια ενέχει κίνδυνο για την υγεία.

Η μελέτη του 1998 η οποία εγείρει ανησυχίες για μια πιθανή συσχέτιση του εμβολίου της ιλαράς-παρωτίτιδας-ερυθράς (ΜΜR) με αυτισμό, είχε σοβαρά προβλήματα όπως διαπιστώθηκε αργότερα και το άρθρο αποσύρθηκε από το περιοδικό που το δημοσίευσε. Δυστυχώς, από τη δημοσίευσή του προκλήθηκε πανικός που οδήγησε σε μείωση του ποσοστού εμβολιασμού και είχε ως συνέπεια τη συρροή κρουσμάτων από αυτά τα νοσήματα. Δεν υπάρχει απόδειξη συσχέτισης μεταξύ του εμβολίου MMR και του αυτισμού ή διαταραχές που συνδέονται με αυτισμό.